不合理。工地上因抽烟被罚款三千元不合法，依据《劳动法》相关规定，工厂不能对抽烟员工进行罚款。若被罚款，劳动者可向劳动行政部门投诉。
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针对工地上因抽烟被罚款的处理方式：1.若工厂直接罚款，劳动者应首先与工厂进行沟通，明确表示罚款行为不合法，要求工厂纠正并退还罚款。2.如工厂拒绝纠正，劳动者可收集相关证据，如罚款通知、工资条等。3.带着收集到的证据，向当地劳动行政部门投诉，请求介入处理，确保自己的权益不受侵害。
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常见处理方式为向工厂提出异议或投诉劳动行政部门。首先与工厂沟通，表达对罚款的不认可；若沟通无果，则向当地劳动行政部门投诉，以维护自己的合法权益。