基本农田改种莲藕存在违规风险。依据《土地管理法》，禁止占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼，改种莲藕属此范畴，不及时纠正可能面临土地违法处罚。
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改种莲藕违规。处理方式：1.立即停止，恢复原状，避免进一步违法；2.若已造成损害，主动报告并接受处罚；3.咨询当地土地管理部门，了解具体政策，寻求合规种植方案。
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处理此问题常见方式为恢复原状或罚款。若已改种，应尽快恢复农田原状；若被查处，可能需缴纳罚款。选择方式需根据改种程度、影响及当地政策决定。