未办健康证被停薪留职不合法。依据《工伤保险条例》，停工留薪需经审批，且原待遇不变。未及时处理可能导致权益受损，如工资被扣发。
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常见处理方式为申请劳动仲裁或与公司协商。若公司违规，可选择劳动仲裁维权；若存在误会，则与公司沟通解决，根据具体情况选择最佳途径。
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未办健康证被停薪应维权。操作如下：1. 收集证据，如劳动合同、工资单等；2. 尝试与公司沟通，要求恢复工作或补发工资；3. 若沟通无果，向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自身合法权益。