村干部长期不在岗，自动离职时间需依据单位制度。根据《劳动合同法》，无具体规定，通常由用人单位管理制度决定，无故旷工三日以上可视为自动离职，否则可能影响村务管理，造成工作停滞。
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村干部长期不在岗，处理如下：1.首先核查单位管理制度，明确自动离职条款，按规定执行；2.若制度未明确，可与村干部协商，依据《劳动合同法》第39条处理；3.确保处理过程公开透明，避免引发争议，影响村务正常运行。
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处理村干部长期不在岗，常见方式为依单位制度处理或协商解除。应选择符合法律法规且公平合理的方式，考虑村干部具体情况及村务需求，确保处理决定合法有效。