母子户口不在一起，可通过出生证明、亲子鉴定等方式证明关系。分析说明：从法律角度来看，母子关系可以通过多种方式进行证明。首先，出生证明是最直接且有效的证据，它详细记录了新生儿的出生信息以及母亲的姓名等关键内容。其次，如果没有出生证明或出生证明遗失，可以选择进行亲子鉴定，亲子鉴定结果具有法律效力，能够科学、准确地确定母子之间的亲属关系。提醒：当涉及到遗产继承、户口迁移等需要严格证明母子关系的场合，如果无法提供有效的证明材料，可能面临权益受损的风险，此时应及时寻求专业人士的帮助。
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具体操作：1.提供出生证明：携带本人及母亲的身份证原件，到孩子出生的医院或相关部门申请补办或获取出生证明的复印件，以证明母子关系。2.进行亲子鉴定：选择具有合法资质的鉴定机构进行亲子鉴定，鉴定过程需要遵循相关法律法规，确保鉴定结果的准确性和法律效力。鉴定完成后，将鉴定报告作为证明母子关系的有效材料。3.办理亲属关系公证：携带本人及母亲的身份证原件、户口本原件（如有）、出生证明原件（如有）等资料，到当地公证处进行亲属关系公证。公证处会对提供的资料进行审核，并出具具有法律效力的亲属关系公证书。4.查询户籍档案：到母亲或孩子户口所在地的公安机关户籍管理部门，申请查询原始户籍档案。在旧的户籍档案中可能会留存母子关系的记录，但这种方法可能受到档案保存完整性和查询权限的限制。在不同情况下，可以根据实际需求选择最合适的处理方式来证明母子关系。
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处理方式：从法律角度，证明母子关系常见的处理方式包括提供出生证明、进行亲子鉴定、办理亲属关系公证以及查询户籍档案等。选择建议：选择哪种处理方式取决于实际情况和需求。如果出生证明齐全，则优先使用出生证明；若出生证明遗失或无法提供，可以考虑进行亲子鉴定或办理亲属关系公证；在某些情况下，也可以尝试查询户籍档案以获取相关线索。