单位签订的安全协议书有效，但需满足一定条件。依据《劳动合同法》等，协议需明确双方权利与义务，基于真实意思，否则可能影响效力。未及时处理可能导致纠纷无法解决，责任不明。
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安全协议有效。具体操作：1. 明确协议内容，包括双方权利、义务及违约责任；2. 确保协议基于双方真实意愿，无欺诈、胁迫；3. 审查协议是否符合《劳动合同法》等法规；4. 签订后双方各执一份，存档备查；5. 如遇争议，按协议规定的解决方法处理。
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处理单位签订安全协议书的方式有协商、审查、签订等。应先协商明确条款，再由法务或律师审查协议的合法性，最后双方正式签订，确保协议有效且符合法规。