三方协议学校未盖章学院章可能无效。依据《合同法》，协议需双方真实意思表示且不违反法律，若约定或法定需盖章则不生效。未盖章可能导致协议无效，产生纠纷时难以维权。
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处理此类问题，可协商补盖或确认协议效力。若协议重要，应尽快联系学校补盖学院章；若对方认可，也可书面确认协议效力，以避免纠纷。
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协议未盖章处理：1. 联系学校尽快补盖学院章，确保协议有效。2. 如学校拒绝，可与对方协商，书面确认协议内容，保障双方权益。3. 若产生纠纷，可咨询律师，依据《合同法》维权。